计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2167|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:文献中关键氨基酸残基贡献度是怎么计算的

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

54

eV
积分
66

Level 2 能力者


动力学优化结果显示,布加替尼与ROS1 蛋白中 Lys1980 以及Met2019 氨基酸残基具有较强的氢键结合作用, 此外还与Ala1918 和Leu2086 形成稳定的疏水作用( 见图 2B) 。布加替尼与ROS1 的相互作用模式( 见图2C、D) ,表明 布加替尼可通过上述作用力较好地结合与ROS1 蛋白口袋 中,发挥对ROS1 蛋白的抑制作用。

氢键结合作用、疏水作用是怎么分析出来的?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-8-10 07:40:11 | 只看该作者 Only view this author
什么叫形成了疏水作用,没有唯一的、有共识的判据。仔细看文章里的说明,没写清楚的话就发邮件问作者
至于氢键的存在性,通常用几何标准判断,gmx hbonds就可以分析

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

54

eV
积分
66

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-10 10:55:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-10 07:40
什么叫形成了疏水作用,没有唯一的、有共识的判据。仔细看文章里的说明,没写清楚的话就发邮件问作者
至于 ...

谢谢老师的耐心回复

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 11:58 , Processed in 0.187887 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list