求助：矿物表面相互作用能每次计算值都不同的问题

西起的sun · 发表于 Post on 2021-7-2 11:06:46

在含水的矿物复合体系中，比如我里面放入5个捕收剂，只要我每次捕收剂位置放的不一样（捕收剂手动放入的，且相互之间有距离；H2O是通过Amorphouse Cell模块中packing的算的），算出的相互作用能就不一样，差别有时可以达到几十Kcal的差距。
计算过程：几何优化过程中各个值的设定均一样的。Ecomplex取值为矿物复合体系优化后的能量，Eads取值为复合体系去除矿物（剩下水和捕收剂）优化后的能量，Emineral取值为矿物单独优化后的能量。
所以不知为什么捕收剂手动放入的位置不同，最后算出的相互作用能就不一样？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-3 03:03:49

你先看看优化完的结构是否相同
大概率是每次都优化到了不同吸附构型。这样的吸附体系势能面极小点很多。

西起的sun · 发表于 Post on 2021-7-4 12:53:23

sobereva 发表于 2021-7-3 03:03
你先看看优化完的结构是否相同
大概率是每次都优化到了不同吸附构型。这样的吸附体系势能面极小点很多。

两次同样数值优化，整体结构看起来没变化，捕收剂差别在位置（最开始的放置的位置不同最后优化的位置也不同）和键长差别0.002左右；矿物弛豫部分的键长差别值也在0.002左右。

125 · 发表于 Post on 2021-9-15 10:14:08

本帖最后由 125 于 2021-9-15 10:22 编辑

sobereva 发表于 2021-7-3 03:03
你先看看优化完的结构是否相同
大概率是每次都优化到了不同吸附构型。这样的吸附体系势能面极小点很多。

老师，请问像这种研究药剂在矿物表面的吸附，药剂的数量如何选择比较合理呢?是研究一个药剂分子的吸附好呢还是研究多个药剂分子一起吸附好呢? 如果研究多个药剂的吸附，那计算吸附能的时候，需要减去的药剂的能量是单个药剂分子的能量乘以吸附的个数吗?如果想要再研究一下药剂吸附对水分子吸附的影响，比如研究水分子的RDF、MSD等这些东西，体系又该如何建立比较合理呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-9-16 06:35:17

125 发表于 2021-9-15 10:14
老师，请问像这种研究药剂在矿物表面的吸附，药剂的数量如何选择比较合理呢?是研究一个药剂分子的吸附好 ...

单个和多个药剂都可以研究
比如如果药剂浓度很低，可能被吸附的药剂总是旁边没有另一个药剂，这时候研究一个药剂分子就行了。如果药剂浓度高，也许可能同时有多个药剂挨着吸附，这时候就需要研究一下同时吸附产生的协同作用。对于这种情况，需要减去的药剂的能量是单个药剂分子的能量乘以吸附的个数。
水的吸附平时该怎么研究还怎么研究，只不过考虑了药剂之后那些指标会受到一定影响。

wangyonglun · 发表于 Post on 2022-8-17 18:05:38

125 发表于 2021-9-15 10:14
老师，请问像这种研究药剂在矿物表面的吸附，药剂的数量如何选择比较合理呢?是研究一个药剂分子的吸附好 ...

您好我能跟你加一下联系方式吗，我也是做浮选，学分子模拟真一头雾水，向您请教一下，我的微信：13953667104

wangyonglun · 发表于 Post on 2022-8-17 18:13:29

请问老师是怎么解决的呀

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