求助：请问有可以快速加载大体积ONIOM log文件的软件吗？

laoman

最近在做的几个体系因为有电荷转移的部分残基有点暴露在溶剂中，所以没用cluster模型做计算（感觉隐式溶剂模型对溶剂界面处的电荷转移会有较大的偏差？）。所以用ONIOM去算，每个体系大概13000+原子，unfreezed的原子有3000左右，QM区域的原子100+。结果优化出来的log文件动不动七八个GB（主要是不好收敛，都得优化个几百步……）。就算不用#p 和EE， 比如 #oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=SoftOnly) geom=connectivity opt=quadmacro)，log文件也能有4、5GB。这样的log文件不管是用gaussview 6还是VMD结合molUP插件（本来还以为是TCL来读取log文件的，结果一看懵了，在TCL里调用系统的grep和sed来处理log文件的……）来打开，都很慢。不知道大家有没有什么可以快速加载大型log文件的软件可以推荐？

sobereva

用#T看看

laoman

sobereva 发表于 2022-8-15 07:14
用#T看看

谢谢社长，我查了一下手册：
Alternative forms:
#N
Normal print level; this is the default.
#P
Additional output is generated. This includes messages at the beginning and end of
each link giving assorted machine-dependent information (including execution timing
data), as well as convergence information in the SCF.
#T
Terse output: output is reduced to essential information and results.

我试试看#T的log文件体积怎么样。有一两个体系可能初始结构比较好，几十步就收敛了，其他的不行我再调整初始结构吧。

如果有C/C++写的ONIOM parser，估计会快很多吧