求助如何构建水分子球

平安 · 发表于 Post on 2020-7-21 16:19:13

大家好，我想请问一下下图这种球形水分子是如何构建的。这种构建方法用于测定接触角。谢谢。

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-7-21 18:10:54

packmol就可以

平安 · 发表于 Post on 2020-7-21 18:30:22

SpongeBob 发表于 2020-7-21 18:10
packmol就可以

能不能直接在ms中就做出来呢

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-7-21 18:50:56

我没做过。但是我考虑可不可以先构建一个方形的水盒子，然后选中中心的水分子，以其为中心选择半径为R内的水分子就可以了。

平安 · 发表于 Post on 2020-7-21 19:49:08

SpongeBob 发表于 2020-7-21 18:50
我没做过。但是我考虑可不可以先构建一个方形的水盒子，然后选中中心的水分子，以其为中心选择半径为R内的 ...

谢谢，我看看有没有别人回复我

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 21:47:52

另外，填充一个方盒子水，然后扩胞，经过NPT，自然而然就会由于表面张力缩成一个水球

最省事莫过于直接用packmol
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

平安 · 发表于 Post on 2020-7-22 17:31:07

sobereva 发表于 2020-7-21 21:47
另外，填充一个方盒子水，然后扩胞，经过NPT，自然而然就会由于表面张力缩成一个水球

最省事莫过于直接 ...

谢谢老师

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