read_data导致键被拉长

MD萌新

模拟一个溶液体系与SO2的相互作用，并想知道气液界面的性质以及SO2分子在溶液中的取向等信息。现在把溶液在NPT下（328K、1atm）跑了0.5ns，采用的 p p p 边界，导出了data文件，SO2也建立了相应的data文件。在两个data文件合并时出现了键被拉长的问题，相关代码以及可视化如图所示（中间溶液，两端二氧化硫）。
目前通过dump文件发现是最后有分子越过边界导致键被拉长。尝试过change_box（1.直接拉伸盒子，还是会有键拉长；2.改边界条件，但需要用pppm或者ewald，因此不能改为 p p f 或 p p s），结果也不行。
想请教各路大神有什么办法可以解决，感激不尽。

mengxiangidea

使用pppm是可以非周期性条件的，相关命令如下：加一个这个kspace_modify   slab 3.0

MD萌新

mengxiangidea 发表于 2022-8-30 17:28
使用pppm是可以非周期性条件的，相关命令如下：加一个这个kspace_modify   slab 3.0

谢谢，我尝试过用 p p f 边界，并且x、y、z方向都在VMD里预留了空间以防止结构不合理。然后仍然在x、y方向控压，可是跑到一定的密度之后就会显示bond atoms missing，现在感觉更大程度上是势参数的问题，不知道理解的对不对，或者您还有什么其他办法请告诉我，十分感谢！