在阴离子体系中加入阳离子是否可以不用杂化溶剂模型

化小白

老师，您好，我在做有机阴离子体系的优化，OAc-夺中性有机物的氢形成HOAc和有机阴离子的过程，整个体系带一个负电荷，溶剂为三氟乙醇，由于不会使用杂化溶剂模型，而uESE中不支持三氟乙醇作溶剂，就想问一下，可以加入Na+，使OAc-以NaOAc的形式参与寻找过渡态，这样可以使整个体系成中性，这样只使用隐式溶剂模型进行优化可以吗？

wzkchem5

不建议用裸露的Na+，还是应该用杂化溶剂模型。其实很简单，把Na+用三氟乙醇配位饱和，做构型搜索找到最稳定配位构型，再拿这个配离子来做计算就行了。计算时至少试两种可能性，一个是这个配离子直接放在反应体系里，一个是这个配离子里的一个三氟乙醇被OAc-取代以后再反应

化小白

老师，您好，做构型搜索是不是不能用Gaussian来做，由于刚接触这个专业，我还不太会其他软件的使用

sobereva

化小白 发表于 2021-9-27 20:01
老师，您好，做构型搜索是不是不能用Gaussian来做，由于刚接触这个专业，我还不太会其他软件的使用

Gaussian结合molclus及其中的组件可以做
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

化小白

sobereva 发表于 2021-9-28 09:30
Gaussian结合molclus及其中的组件可以做
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/resea ...

好的，谢谢老师

化小白

老师，您好，我尝试用1个Na+和三个三氟乙醇分子
ngen= 10
----
1
\Na.xyz
3
\2,2,2-trifluoroethanol.xyz
按照您
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
这篇博文中的步骤生成traj.xyz后，启动molclus,打开一秒后就闪退了，生成了一个gau.gjf文件2KB和一个isomers.xyz文件0KB，出现0KB就感觉错了，想问一下老师我的哪步发生了错误？

wzkchem5

化小白 发表于 2021-9-28 08:21
老师，您好，我尝试用1个Na+和三个三氟乙醇分子
ngen= 10
----

估计是高斯的运行路径没设对。
下次再遇到这个问题，不要双击打开molclus，而是在命令行里运行molclus，这样molclus退出前输出的错误信息不至于因为窗口关闭而来不及看到

化小白

老师，您好，我不太懂命令行里运行molclus是怎么做，老师，可以把molclus生成的gjf文件直接放入高斯中优化吗，得到的输出文件与运行molclus产生的结果会相同吗

wzkchem5

化小白 发表于 2021-9-28 12:36
老师，您好，我不太懂命令行里运行molclus是怎么做，老师，可以把molclus生成的gjf文件直接放入高斯中优化 ...

自己搜如何在命令行下运行程序
molclus的工作原理是调用高斯，调整结构，再调用高斯，以此类推，所以你手动运行高斯只能把molclus的第一步结果做对，做不出最终的结果

snljty

化小白 发表于 2021-9-28 19:36
老师，您好，我不太懂命令行里运行molclus是怎么做，老师，可以把molclus生成的gjf文件直接放入高斯中优化 ...

参考http://sobereva.com/612第一节，原理相同，这属于个人计算机使用常识。

化小白

wzkchem5 发表于 2021-9-28 20:03
自己搜如何在命令行下运行程序
molclus的工作原理是调用高斯，调整结构，再调用高斯，以此类推，所以你 ...

好的，谢谢老师

化小白

snljty 发表于 2021-9-28 20:30
参考http://sobereva.com/612第一节，原理相同，这属于个人计算机使用常识。

谢谢老师，我好好看看