求助：联动plumed进行target MD计算时速度巨幅降低

16aDream

联动plumed之前：1个GPU，1个CPU的计算速度是100 ns/day
联动plumed后进行TMD计算，同样1个GPU和1个CPU计算速度降到了10 ns/day，足足降为了原来的1/10。
不清楚为什么会这样，之前plumed与gromacs联动进行TMD也会降低30%左右，但是amber这次降低的太夸张了

16aDream

补充一下：软件为Amber20，plumed2.7，指令为pmemd.cuda
输入文件为：
&cntrl

  imin = 0, irest = 1, ntx = 5,
  nstlim = 10000000, dt = 0.002,
  ntc = 2, ntf = 2, tol = 0.000001,
  iwrap = 1, ntb = 1, ntp = 0, cut = 9.0,
  ntt = 2, temp0 = 300.0, tempi = 300.0,
  ntpr = 10000, ntwx = 10000, ntwr = 10000, ntwe=10000,
  ntxo = 2, ioutfm = 1, ig = -1,

  plumed = 1, plumedfile='plumed-tmd-7s38.dat'

&end

sobereva

16aDream 发表于 2023-4-26 19:18
补充一下：软件为Amber20，plumed2.7，指令为pmemd.cuda
输入文件为：
&cntrl

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

16aDream

自问自答一下吧，主要来自于以下两个amber的Q&A：
http://archive.ambermd.org/201812/0287.html
http://archive.ambermd.org/202101/0207.html

造成运行速度大幅降低的原因是，plumed与amber联动时，因为amber是在GPU运行的，而plumed是在CPU运行。而且plumed每次从amber获取坐标信息时是体系全部的原子，而不是plumed所需要的原子（比如tmd理应只需要与reference.pdb对应的原子信息，metad理应只需要与CV相关的原子信息），所以造成了大量时间的浪费。

倒是也有解决办法，就是更改gpu.cpp的源代码，（应该还有plumed与amber的patch代码）与plumed联动时只获取与plumed相关的原子信息。这有点太麻烦了

所以还是用gmx与plumed联动吧，gmx有专门针对plumed的负载平衡

16aDream

顺便吐槽下，gmx的限制文件实在是太麻烦，特别是体系多种type下的不同对象的限制
而且学校的超算CPU又不大行，严重限制的GPU的性能。
所以又想用AMBER计算了，顺便也需要测试下GAMD，这个在gmx里还没有
但是amber与plumed联用时又出这种问题，（amber的TMD很难用）
所以如果想用plumed丰富的功能的话，还是老老实实用gmx
如果只用amber内置的功能的话，那单独用amber还是很好用

Lyueyang2020

16aDream 发表于 2023-5-5 10:39
顺便吐槽下，gmx的限制文件实在是太麻烦，特别是体系多种type下的不同对象的限制
而且学校的超算CPU又 ...

非常谢谢您分享的经验，目前在初步学习plumed,想用来做元动力学，之前只使用过amber（gmx没学），想请教您amber联用plumed除了计算时间大大延长以外，还可能会有什么问题吗？还是最好学会gmx之后再用plumed的功能。如果您有amber联用plumed的教程的话，更是十分感激！谢谢您。

乙酰胞壁酸

楼主能具体讲一下plumed+GROMACS部分的如何调优吗，最近在用plumed做abmd，约束的距离比较多，模拟速度直接只有原来的1/500