蛋白质分子在电场下的取向极化模拟的问题

lishine

最近想仿真接近真空下，蛋白质分子在约1KV/cm的电场下克服温度，进行取向极化过程。遇到了一些问题：

蛋白质的初始状态应该是有一定旋转速度的，但是我对蛋白预处理后（EM、NVT），蛋白是没有热旋转的，这与“一定温度下，分子会随机旋转”有违背，我感到很疑惑....

因为没有旋转速度的话，那电场就不需要克服蛋白质的热旋转了，那么弱电场都能取向极化蛋白质，所以我感觉正确的应该是有热旋转的

lishine

分配初始速度后确实有旋转，但是慢慢就不旋转了。。
MDP文件：


integrator               = md
dt                       = 0.002 ;ps
nsteps                   = 500000 ; 1 ns

nstxout                 = 500
nstvout                 = 500
nstfout                 = 500
nstenergy               = 500
nstlog                  = 500

;comm-mode = Angular

nstlist                  = 5
ns-type                  = Grid
pbc                      = xyz
rlist                    = 1.2

coulombtype              = cut-off
rcoulomb                 = 1.2

vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 1.2

;Tcoupl                   = no
Tcoupl                   = v-rescale
tc-grps                  = System
tau_t                    = 0.1     
ref_t                    = 300     

DispCorr                 = EnerPres

; 不使用压力耦合
pcoupl                   = no                    ; NVT中不能使用压力耦合


; 初始速度选项
gen_vel                  = yes    ; 根据Maxwell分布随机产生速度
gen_temp                 = 100    ; 当你改变温度时, 别忘了改变gen_temp变量以生成速度
gen_seed                 = -1     ; 随机数生成器的种子

lishine

在真空中对单个蛋白进行MD，各种温度控制都尝试后，我发现蛋白质总是会在最后稳定不旋转，请问是正常的吗？

sobereva

蛋白质原子很数多质量很大，就算自动产生初速度时没有特意考虑消除整体转动速度分量，实际的净转动速度也肯定非常低
如果就是想让其转动起来，原子初速度里加入整体转动分量

lishine

sobereva 发表于 2022-8-31 19:26
蛋白质原子很数多质量很大，就算自动产生初速度时没有特意考虑消除整体转动速度分量，实际的净转动速度也肯 ...

好的 不好意思sob老师~

k64_cc

模糊地记得这事和thremostat也有关系。如果使用了加random noise的thermostat，角动量会逐渐被抹掉。如果真的很在乎角动量影响，可以考虑加电场跑NVE，当作NEMD，研究动力学过程。

lishine

k64_cc 发表于 2022-9-10 15:28
模糊地记得这事和thremostat也有关系。如果使用了加random noise的thermostat，角动量会逐渐被抹掉。如果真 ...

对的，谢谢建议，您说的很对。