EtOH/H2O（4：1，v/v，HEPES = 20 mM，pH = 7.20）在高斯里要怎么设置呢

JIN957

文献中实验观察荧光和紫外时溶剂 描述的是EtOH/H2O（4：1，v/v，HEPES = 20 mM，pH = 7.20），请问这个在高斯里要怎么设置呢，第一步优化分子结构的时候也是用这个溶液吗

wzkchem5

按http://sobereva.com/327的方法设置EtOH和H2O的混合溶剂。如果已知HEPES和体系有显著相互作用，在计算的时候可以画一个HEPES在你的分子旁边（注意做构型搜索确定最优的相互作用构型）；如果已知HEPES和体系没有显著相互作用，那么定义混合溶剂时可以不用考虑HEPES，因为含量远小于EtOH和H2O。
pH是通过合理设置分子的质子化状态来考虑的，方法参见https://mattermodeling.stackexch ... molecules/9605#9605
优化结构时建议带上溶剂，因为你的溶剂极性比较强，溶剂对分子结构的影响很可能不能忽略

JIN957

wzkchem5 发表于 2022-9-13 16:58
按http://sobereva.com/327的方法设置EtOH和H2O的混合溶剂。如果已知HEPES和体系有显著相互作用，在计算的 ...

非常感谢！不过好像pH值设置有点复杂，这个可以忽略吗

wzkchem5

JIN957 发表于 2022-9-13 12:32
非常感谢！不过好像pH值设置有点复杂，这个可以忽略吗

如果由实验结果可以知道当前pH下你的分子的质子化状态是什么，那就按实验的质子化状态就行了。我给的链接是实验上不知道质子化状态、也没有测pKa时的解决方法。

JIN957

wzkchem5 发表于 2022-9-13 22:02
如果由实验结果可以知道当前pH下你的分子的质子化状态是什么，那就按实验的质子化状态就行了。我给的链接 ...

好的老师，还有一个问题，我算的分子是AIE类的，水组分越高荧光越强，请问这个是通过改变水和乙醇的体积比例来模拟吗

wzkchem5

JIN957 发表于 2022-9-14 03:04
好的老师，还有一个问题，我算的分子是AIE类的，水组分越高荧光越强，请问这个是通过改变水和乙醇的体积 ...

不仅需要改变溶剂比例，还需要算至少两个分子的聚集体（我不知道两个够不够，这个得你查文献确定），不能算单体。因为量化软件计算溶剂里的过程时，计算的是稀溶液，而众所周知AIE分子荧光强度随溶剂改变是因为聚集，一聚集就破坏了稀溶液的条件。如果不破坏稀溶液的条件（也就是分子浓度极其低，即使加水也没有发生聚集），那么即使加水也不会导致荧光增强。

JIN957

wzkchem5 发表于 2022-9-14 15:32
不仅需要改变溶剂比例，还需要算至少两个分子的聚集体（我不知道两个够不够，这个得你查文献确定），不能 ...

非常感谢老师的回答！ 我还想请教一下，在做配体和金属离子络合的计算时，怎样找到比较准确的位置放置金属离子呢，因为感觉计算得到的络合物结构跟我们放的位置有很大关系，是看电子云密度来确定吗？还有就是高斯它能模拟出金属离子取代质子这个过程吗，还是说我们建模的时候要直接把质子去掉呢？

wzkchem5

JIN957 发表于 2022-9-15 07:13
非常感谢老师的回答！ 我还想请教一下，在做配体和金属离子络合的计算时，怎样找到比较准确的位置放置金 ...

金属离子的位置通过构型搜索确定，参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html。当金属离子的Lewis酸性足够弱的时候（比如是碱金属离子），可以作配体的静电势图，靠静电势判断，但无论如何都不如构型搜索的结果靠谱。
金属离子取代质子的过程可以模拟（就是把取代质子当作一个反应来算），但是如果你不关心这个过程而只关心结果的话，也可以不算，靠实验结果或者热力学的计算来确定脱几个质子、脱哪些质子。