MS动力学模拟时怎么将混合物当中的一类分子的键长固定

wyqms

各位老师好，学生有个问题想请教老师，我在用MS跑一组混合物的动力学时想要将当中的一类分子的键长固定，不让它随着温度变化，或者说我想将这类分子当成一个整体（就是想让MS将这个分子当成一个原子），该怎么进行设置呢，网上检索了一下，感觉都不是我想要的。（因为是请教MS的问题，所以就没去简单答疑帖，还望社长大大见谅）

corei70715

把需要固定的分子设置成motion group就可以了

wyqms

corei70715 发表于 2022-9-13 03:49
把需要固定的分子设置成motion group就可以了

感谢您的回复，我之前试过设置成motion group但是在退火和动力学模拟的时候文件记录的结构里的分子依旧会被改变键长、键角。

corei70715

设置成功了应该不会改变了呀

wyqms

corei70715 发表于 2022-9-14 02:42
设置成功了应该不会改变了呀

我使用motion group将这类分子形成一个组，然后优化的时候选择将其视为刚体，这样操作优化后分子键长键角是不改变的，但是在MD中就失效了，是我设置不成功吗？您能具体说说怎么设置吗？麻烦您了

corei70715

wyqms 发表于 2022-9-15 10:39
我使用motion group将这类分子形成一个组，然后优化的时候选择将其视为刚体，这样操作优化后分子键长键角 ...

我也试了一下，motion group确实不行。也可以直接固定键长

wyqms

corei70715 发表于 2022-9-17 02:26
我也试了一下，motion group确实不行。也可以直接固定键长

您好，我试了一下，但是键角又发生了改变，即是我用constraint固定键角后还是会改变

corei70715

wyqms 发表于 2022-9-17 20:28
您好，我试了一下，但是键角又发生了改变，即是我用constraint固定键角后还是会改变

Fix angle and distance 还会变么？是要先测量要固定的角度，再选中那些角度，再勾选fix