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[GROMACS] 求助packmol填充聚合物长链,输出文件盒子尺寸不对+聚合物链不在盒子内部

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楼主
本帖最后由 shiyuanfan 于 2025-11-22 20:31 编辑

各位老师,我想用packmol把64聚合物的peo长链填充到盒子中,但是操作后发现输出文件盒子尺寸不对(设置的是600 30 30,得到的是227.97 22.56 27.64),而且聚合物链不在盒子内部,请问问题出在哪了
附件是我的packmol input.itp文件、被填充分子的pdb文件与输出结构文件

如下两张图是输出文件的盒子信息和vmd显示图像

Cache_2622234ca663444f.png (7.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

Cache_2622234ca663444f.png

Cache_13c4b7425add219f.png (16.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Cache_13c4b7425add219f.png

testpeo.pdb

35.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

peo64shunxu.pdb

45.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

input.inp

154 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-22 00:45:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shiyuanfan 于 2025-11-22 20:32 编辑

如下两张图是输出文件的盒子信息和vmd显示图像

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发表于 Post on 2025-11-22 01:27:24 | 只看该作者 Only view this author
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

你都明确设了inside box 0 0 0 600 30 30这么大(而且明显过大)的盒子,而VMD显示的盒子是从(0,0,0)开始的、盒子尺寸是基于单分子xyz上下限确定的,当然可能分子在VMD显示的盒子外头

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-22 20:36:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-22 01:27
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这 ...

抱歉卢老师,已修改原帖,把回帖内容添加进去了。再请问一下,packmol是如果设置的盒过大,可以自动调整盒子大小吗;VMD显示在盒子外部,是不是也不会影响模拟过程?非常感谢卢老师!

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发表于 Post on 2025-11-23 01:00:52 | 只看该作者 Only view this author
shiyuanfan 发表于 2025-11-22 20:36
抱歉卢老师,已修改原帖,把回帖内容添加进去了。再请问一下,packmol是如果设置的盒过大,可以自动调整 ...

当前盒子并没有过大。反倒还明显不够大,会导致聚合物与其周期镜像作用上

不影响模拟过程。先搞清楚什么叫PBC
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-24 12:33:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-23 01:00
当前盒子并没有过大。反倒还明显不够大,会导致聚合物与其周期镜像作用上

不影响模拟过程。先搞清楚什 ...

明白了,谢谢卢老师

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