高斯可不可以使某个原子在坐标原点，另一个原子在x轴方向上

978142355 · 发表于 Post on 2016-5-5 12:41:50

如题，以甲烷分子为例，想让甲烷的C原子在坐标原点，2号H在x轴方向，比如坐标是(1.07,0.00,0.00)。用高斯的symmetrize的功能，C是在坐标原点了，但是2号H却是在z轴方向，坐标是(0.00,0.00,1.07)。想请教一下各位老师，高斯或者其他的软件有没有可以调整中心原子在原点，另一个原子在x轴方向的方法或者软件。

一直走 · 发表于 Post on 2016-5-5 13:26:11

用GaussView可以控制各个原子的坐标

978142355 · 发表于 Post on 2016-5-5 17:02:50

一直走发表于 2016-5-5 13:26
用GaussView可以控制各个原子的坐标

能具体说一下吗？毕竟要是认为手动改的话，距离，角度，二面角等信息可能就会因此改变，不知道您是如何控制，简单而且方便的？手动移动分子的话，容易有偏差；改动坐标，那些键长等信息又会改变。

一直走 · 发表于 Post on 2016-5-5 18:32:08

978142355 发表于 2016-5-5 17:02
能具体说一下吗？毕竟要是认为手动改的话，距离，角度，二面角等信息可能就会因此改变，不知道您是如何控 ...

我不知道你是想保留什么信息，我是用Atom List选项修改坐标的

978142355 · 发表于 Post on 2016-5-5 18:48:47

一直走发表于 2016-5-5 18:32
我不知道你是想保留什么信息，我是用Atom List选项修改坐标的

就是想让中心原子在坐标原点，然后2号原子在x轴上，其余皆正常转动过去就行了。我按照atom list改了，但是键长和键角都变化了。

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-5 19:38:59

让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177

978142355 · 发表于 Post on 2016-5-6 08:21:03

sobereva 发表于 2016-5-5 19:38
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177

sob老师太强悍了

非常感谢sob老师的热心帮助，同时也感谢@一直走的讨论，谢谢。

plus · 发表于 Post on 2016-5-7 16:37:19

chemcraft轻松搞定

anmin0127 · 发表于 Post on 2016-5-7 19:10:27

直接修改原子坐标不就行了吗？

978142355 · 发表于 Post on 2016-5-7 21:47:15

anmin0127 发表于 2016-5-7 19:10
直接修改原子坐标不就行了吗？

有两个问题。第一，修改一个，另一个如果修改的不好，键长，键角，二面角信息就会改变；第二，就算是计算好了该移动多少，分子数多的话，直接改变坐标，也会极其麻烦。

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