蛋白-蛋白分子对接问题

jackie · 发表于 Post on 2018-12-4 19:38:57

1.最近刚学会同源建模，由于要构建的蛋白质有3条氨基酸序列，使用modeller只能构建出每一条氨基酸序列的3D蛋白质结构，请问modeller可不可以将这三个序列一起同时预测出一个蛋白质结构？
2.基于上一个问题，目前只分别预测出三个氨基酸序列的3D蛋白质构型，预计是把这3个蛋白质构型组合到一起。在网上查了可以用discovery studio中的ZDock来做，于是遵循步骤先把这三个蛋白质结构在同一个窗口中打开，然后选择Tools | Macromolecules | Dock and Analyze Protein Complexes,出现左边对话框（如下图），再选择Dock Protein（ZDock），出现一个change server 对话框，要求输入server name（其实，我也不太清楚这是什么意思），于是将本地的IP地址输入进去，点击Test，出现一个error，也无法ok继续。试问一下，出现这种情况是什么原因，有什么解决的方法？非常感谢。

kunkun · 发表于 Post on 2018-12-5 18:55:13

DS用的是ZDOCK.完全可以申请一个学术版，操作极为方便

Chenglong_li · 发表于 Post on 2018-12-13 09:56:05

第一个问题：关于“蛋白质有3条氨基酸序列”，请问在PDB bank是否有一致性比较高的晶体结构？可以考虑将3条序列放在一个序列窗口中并作为1条氨基酸序列，通过加入chain break，使程序来区分不同的链。
第二个问题：关于“要求输入server name（其实，我也不太清楚这是什么意思），于是将本地的IP地址输入进去，点击Test，出现一个error”，你现在所用的版本可能只是client端，本地或服务器上没有安装server端，建议下载并安装 http://bbs.keinsci.com/thread-7364-1-1.html 2016的版本，先安装DiscoveryStudio_Server_2016，然后再安装Discovery_Studio_Client_2016。

girlcrhong · 发表于 Post on 2022-9-26 11:38:11

Chenglong_li 发表于 2018-12-13 09:56
第一个问题：关于“蛋白质有3条氨基酸序列”，请问在PDB bank是否有一致性比较高的晶体结构？可以考虑将3条 ...

求http://bbs.keinsci.com/thread-7364-1-1.html 2016的版本，我级别太低，看不了

girlcrhong · 发表于 Post on 2022-9-26 11:38:51

girlcrhong 发表于 2022-9-26 11:38
求http://bbs.keinsci.com/thread-7364-1-1.html 2016的版本，我级别太低，看不了

邮箱girlcrhong@163.com，非常感谢

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