求助：Linux CASTEP (非MS下模块)结构优化如何可视化优化结构的原子位置等信息？

AustraliaSucks · 发表于 Post on 2022-7-5 14:01:39

申请到了CASTEP的license，经过晶体结构优化后，CASTEP只支持输出.geom 文件。所以应该如何可视化结构优化后的原子位置等信息？

类似地，在MS中的castep模块进行结构优化，可以可视化.xsd文件；如果用vasp的话可以生成CONTCAR。

所以，如果用CASTEP做晶体的结构优化，如何能够得到优化后的晶格结构信息（类似于CONTCAR文件）呢？

欢迎留言，十分感谢。

ABetaCarw · 发表于 Post on 2022-7-5 19:27:27

http://www.castep.org/CASTEP/OtherCodes

AustraliaSucks · 发表于 Post on 2022-7-5 21:23:07

ABetaCarw 发表于 2022-7-5 19:27
http://www.castep.org/CASTEP/OtherCodes

好的非常感谢。我现在还有个问题就是castep输入的文件里面没有优化后的原子坐标文件。请问您遇到相同的情况吗？

PoorChaos · 发表于 Post on 2022-7-7 09:44:03

AustraliaSucks 发表于 2022-7-5 21:23
好的非常感谢。我现在还有个问题就是castep输入的文件里面没有优化后的原子坐标文件。请问您遇到相同的 ...

请问，最后结构用哪个软件来可视化的？

wangyh · 发表于 Post on 2022-7-28 16:15:47

可以试试用这个Python的包ASE(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/)，它也有自带的图形界面（命令行输入 ase gui 【文件名】即可打开)。CASTEP优化后会生成一个*.geom文件，打开就可以看到优化过程中结构的变化，提取最后一个结构即为优化结构。

AustraliaSucks · 发表于 Post on 2022-8-1 22:54:35

PoorChaos 发表于 2022-7-7 09:44
请问，最后结构用哪个软件来可视化的？

不好意思，前些日子我不能评论自己的帖子

我看到官网上有这个文件的介绍（https://www.tcm.phy.cam.ac.uk/castep/Geom_Opt/node21.html），然后有脚本能够转换成.xyz文件（https://www.onetep.org/Main/Utilities），希望能够帮到你。
另外楼下的ASE package也能够可视化，你可以尝试编译一下ase，然后试下。

AustraliaSucks · 发表于 Post on 2022-8-1 22:55:27

wangyh 发表于 2022-7-28 16:15
可以试试用这个Python的包ASE(https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/)，它也有自带的图形界面（命令行输入 ase gu ...

好的非常感谢我会尝试一下

PoorChaos · 发表于 Post on 2022-8-2 01:41:53

AustraliaSucks 发表于 2022-8-1 22:54
不好意思，前些日子我不能评论自己的帖子
我看到官网上有这个文件的介绍（https://www.tcm.phy ...

谢谢！！

wdlc1220 · 发表于 Post on 2022-10-3 14:55:31

本帖最后由 wdlc1220 于 2022-10-5 20:38 编辑

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