关于CIF文件下载下来vesta扩胞后出现乱加氢原子情况

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-6 20:44:15

各位老师好，我在CCDC官网上下载一个CIF文件，num：2073010 。在官网上看到Et部分是正常的，但是下载下来cif文件后，Vesta扩胞后Et部分莫名的多了好多氢原子，请问老师有什么好办法解决这种情况么？我下载有问题的话麻烦老师帮我下载一下，看看是否还出现这种情况，我弄了好长时间，如果一个一个改的话实在是太多了，实在没法子了，请老师们帮我一下，谢谢各位老师了

含光君 · 发表于 Post on 2022-10-6 21:27:19

应该没多，你可以打开cif文件检查一下原子数目对不对。
在Vesta里的话，点开Edit - Bonds，Bondary mode选择 Do not search atoms beyond boundary即可。

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-6 21:38:24

含光君发表于 2022-10-6 21:27
应该没多，你可以打开cif文件检查一下原子数目对不对。
在Vesta里的话，点开Edit - Bonds，Bondary mode选 ...

谢谢您，我检查了，扩胞后Et部分还是都挤到一起了，如图，我将文件已上传，辛苦您帮我看下，在官网看没问题，下载下来进行扩胞Et部分就堆在了一起，麻烦您了

含光君 · 发表于 Post on 2022-10-6 22:38:20

本帖最后由含光君于 2022-10-6 22:40 编辑

我看了一下确实不是我刚才所说的那样。此外我下载下来也和你一样(不光是CCSD，并且该结构文章的给出的结构也是这样)，对此我也不知道怎么弄，抱歉。

swordshine · 发表于 Post on 2022-10-7 08:20:06

cif的占据度导致的吧，转成其他格式会把占据度低于1的都算成1，所以会多了一些原子，你手动删掉就行

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-7 09:11:44

swordshine 发表于 2022-10-7 08:20
cif的占据度导致的吧，转成其他格式会把占据度低于1的都算成1，所以会多了一些原子，你手动删掉就行

谢谢您，但是建立的扩胞后体系实在是太大了，手动删掉，一方面分子太多，另一方面会把原先Et部分结构一起删掉，因为多出来的原子跟Et部分有的重叠在一起了。这种情况还有其他办法么？麻烦您了

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2022-10-7 09:38:36

你看下这个行不行？

SPA532.cif (3.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-7 13:26:51

tiandikuoyuan 发表于 2022-10-7 09:38
你看下这个行不行？

啊，可以这文件就没问题，真的太感谢您啦，您是怎么做到的，软件方便告诉我一下么？真的是太谢谢您啦，帮了大忙啦。

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2022-10-7 14:22:36

a-Student 发表于 2022-10-7 13:26
啊，可以这文件就没问题，真的太感谢您啦，您是怎么做到的，软件方便告诉我一下么？真的是太谢谢您啦，帮 ...

Mercury可以删减原子，然后另存为一份cif

乐平 · 发表于 Post on 2022-10-7 18:22:39

a-Student 发表于 2022-10-6 21:38
谢谢您，我检查了，扩胞后Et部分还是都挤到一起了，如图，我将文件已上传，辛苦您帮我看下，在官网看没问 ...

应该是你的 cif 文件自身的问题。如下图所示：

红框标记的这些原子都是分数占据的，也就是说，这些原子所在的位置不是某一个原子独占，而是有 0.3x ~ 0.6y 两个原子部分占位。

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-7 19:13:14

tiandikuoyuan 发表于 2022-10-7 14:22
Mercury可以删减原子，然后另存为一份cif

谢谢您

a-Student · 发表于 Post on 2022-10-7 19:13:42

乐平发表于 2022-10-7 18:22
应该是你的 cif 文件自身的问题。如下图所示：

好的，，谢谢您

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[建模与可视化] 关于CIF文件下载下来vesta扩胞后出现乱加氢原子情况

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