tleap loadamberprep .prepin 文件错误

北纬18° · 发表于 Post on 2016-5-11 23:23:15

在一个有机分子旁边加了两个水分子，进行模拟。

使用 antechamber 和 parmchk2 命令生成 test.prepin 文件和 test.frcmod 。
进入如 tleap， loadamberprep test.prepin ，出现以下错误。

这是什么问题？

test.prepin (2.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

1.pdb (2.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

greatzdk · 发表于 Post on 2016-5-12 09:48:33

prepi似乎只能是一个分子吧？从PDB结构中看到，你的有机分子实际上是两个分子，之间没有键的信息。分开弄吧

北纬18° · 发表于 Post on 2016-5-12 16:54:01

greatzdk 发表于 2016-5-12 09:48
prepi似乎只能是一个分子吧？从PDB结构中看到，你的有机分子实际上是两个分子，之间没有键的信息。分开弄吧

有机结构是一个过渡态，外加两个水分子。

greatzdk · 发表于 Post on 2016-5-12 17:49:17

本帖最后由 greatzdk 于 2016-5-13 08:29 编辑

北纬18° 发表于 2016-5-12 16:54
有机结构是一个过渡态，外加两个水分子。

那分子动力学的办法不适合你这个体系

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-14 16:15:29

肯定没法把这个体系整体直接扔到antechamber里面搞。
水的参数直接用TIP3P就完了。
左边两个分子直接扔到antechamber里面大抵也会报错，因为此程序通常只能识别成键方式普通的有机分子。
如果你想让左边构成过渡态的两个分子在模拟中一直保持结构，你先分别用antechamber把左边两个有机分子拓扑文件单独搞出来，然后模拟过程中将它们坐标直接冻结住就完了。

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[Amber] tleap loadamberprep .prepin 文件错误