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[Amber] 求助:通过MCPB.py -i sub.in -s 1生成的三个pdb文件原子类型变了,Cl-也要单独处理吗

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本帖最后由 哇卡卡卡卡卡 于 2022-10-13 16:09 编辑

各位老师,我因为在后面跑平衡的时候出现问题,所以我重新检查了一下我前面的步骤,我发现通过MCPB.py -i sub.in -s 1生成的三个pdb文件(small、large 、standard),Gaussview打开之后,Cl原子变成了C原子,我看了pdb文件,上面编号38就是Cl原子,但是原子类型却改变了,还有金属Fe原子了变成了氟原子F。生成的mk.com文件和opt.com文件用Gaussview打开,结构是正确而,原子没有变,电荷、重态都是正确的。不知道为什么三个pdb文件打开原子种类却变了,这是哪里出错了吗?请各位老师指导!最终生成的TSb2_mcpbpy.pdb,电荷重态还有原子类型都变了


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发表于 Post on 2022-10-11 13:32:02 | 只看该作者 Only view this author
从你提供的pdb文件中,并没有看出CL变成了C。注意1和l的显示差别

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