文献提供的MD轨迹录像中C-H基团的H原子为什么会有向C原子伸缩，有些甚至缩到C原子里面

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-10-30 18:13:34

本帖最后由大头攒毛于 2022-10-30 20:00 编辑

大家好，有一篇文献，研究P450酶和底物NPG之间的相互作用，下图是截取了文献中提供的MD录像的一帧(下方是氧化状态的血红素HEM，中部为残基PHE，上方是NPG底物)，模拟软件：AMBER14，酶的力场：AMBER ff14SB，NPG电荷是在HF/6-31g*级别下算的RESP电荷。

我对这篇文献进行了模拟，模拟软件：Gromacs2016，酶力场：amber99sb，NPG电荷：RESP(b3lyp/6-311g**)

我有疑惑的地方是，为什么在模拟的过程中，NPG的C链上的H可以向C原子里面伸缩，而我用gromacs模拟，并没有发现这种情况？这种差异和力场参数有关系吗？还是说和vmd显示方式有关系？

谢谢大家

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-10-31 04:37:59

看看你的mdp文件，应该设置了你设置了约束H的键，他显然没有做约束

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-10-31 10:57:08

原来是这样，非常感谢

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[综合交流] 文献提供的MD轨迹录像中C-H基团的H原子为什么会有向C原子伸缩，有些甚至缩到C原子里面

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