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[CP2K] CP2K跑QMMM报原子链接错误,建议使用REORDERING关键词

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请教大家,我用CP2K跑QMMM,在我PDB文件从INDEX 1-15854存在钙离子,psf文件来自于AMBER建模得到键连关系。报存在原子未链接错误。

请教它提示的使用REORDERING关键词应该是加在哪里?

CP2K报错如下:

202211211327586727..png (35.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

cp2k报错信息

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发表于 Post on 2022-11-21 18:27:44 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
建议你装个gromacs,使用gromacs里面的工具处理界面原子,自己手动调很不方便

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-21 20:44:18 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,这个问题通过调整Ca离子到链最后可用解决。

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发表于 Post on 2023-1-6 16:00:35 | 只看该作者 Only view this author
疯狂的阿太 发表于 2022-11-21 20:44
谢谢,这个问题通过调整Ca离子到链最后可用解决。

你好 我也遇见了一样的问题 你这是手动调整的吗?可以说的更细致一点吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-7 20:59:34 | 只看该作者 Only view this author
zhili 发表于 2023-1-6 16:00
你好 我也遇见了一样的问题 你这是手动调整的吗?可以说的更细致一点吗?

是的,手动调整金属离子到蛋白序号的最后

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