CP2K跑QMMM报原子链接错误，建议使用REORDERING关键词

疯狂的阿太 · 发表于 Post on 2022-11-21 13:28:43

请教大家，我用CP2K跑QMMM，在我PDB文件从INDEX 1-15854存在钙离子，psf文件来自于AMBER建模得到键连关系。报存在原子未链接错误。

请教它提示的使用REORDERING关键词应该是加在哪里？

CP2K报错如下：

leeru · 发表于 Post on 2022-11-21 18:27:44

建议你装个gromacs，使用gromacs里面的工具处理界面原子，自己手动调很不方便

疯狂的阿太 · 发表于 Post on 2022-11-21 20:44:18

谢谢，这个问题通过调整Ca离子到链最后可用解决。

zhili · 发表于 Post on 2023-1-6 16:00:35

疯狂的阿太发表于 2022-11-21 20:44
谢谢，这个问题通过调整Ca离子到链最后可用解决。

你好我也遇见了一样的问题你这是手动调整的吗？可以说的更细致一点吗？

疯狂的阿太 · 发表于 Post on 2023-1-7 20:59:34

zhili 发表于 2023-1-6 16:00
你好我也遇见了一样的问题你这是手动调整的吗？可以说的更细致一点吗？

是的，手动调整金属离子到蛋白序号的最后

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[CP2K] CP2K跑QMMM报原子链接错误，建议使用REORDERING关键词