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[GROMACS] 求助高温NPT后聚合物链跑出盒子问题

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我在使用gromacs模拟含有两种不同聚合物链共混的电解质体系,体系中一共有六条聚合物链,在423 K的温度下进行了50 ns的NPT过程,但是在模拟后聚合物链大部分跑出了盒子之外(一共有五种不同比例的共混体系最后都跑出了盒子之外),请教一下这个问题应该如何解决?下面分别是其中一个体系进行NPT前后的图片以及NPT文件。



初始结构.png (25.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

NPT前

NPT前

NPT后.png (46.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

NPT后

NPT后

NPT1.mdp

687 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

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发表于 Post on 2025-5-16 06:34:33 | 只看该作者 Only view this author
用了PBC,跑出盒子就根本不是什么“问题”

如果你的盒子空白的区域就是真空区而不是隐藏了溶剂分子,由于用了控压,自然盒子尺寸会在MD过程中显著收缩
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 09:59:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 06:34
用了PBC,跑出盒子就根本不是什么“问题”

如果你的盒子空白的区域就是真空区而不是隐藏了溶剂分子,由 ...

好的谢谢老师

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