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[分子对接] 求助 关于蛋白质和下游蛋白对接的问题

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我现在有一个想研究的蛋白,想通过动力学模拟将配体和蛋白质进行200ns的模拟后,通过动力学模拟前后蛋白质和蛋白质互相作用的变化,说明我的配体能够抑制该蛋白,但是在KEGG Pathway网站发现它对下游蛋白的作用是激活其表达。问题是这种情况下是不是应该做蛋白和下游蛋白的启动子DNA二级结构的对接,还是直接做蛋白蛋白互作就可以,如果需要做蛋白质和DNA的互相作用,DNA的二级结构应该怎么获取呢?

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