为什么VMD和pymol显示的蛋白二级结构不一致？

sxwen · 发表于 Post on 2022-10-27 14:47:39

如图1，使用VMD NewCartoon 显示二级结构时，感觉蛋白异常（有些部分没有显示出来），然后我用pymol加载了同一个文件，显示结果如图2，可以看出VMD显示的时候确实蛋白出现了异常，我查看了蛋白序列，并没有问题。请问大家，这是什么原因导致的呢？PS：pymol显示的蛋白结构才是正确的。

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-27 15:19:15

VMD的显示没有明显问题

如果是有些地方没判断出二级结构，是二级结构判断算法问题，本来有些模棱两可的区域二级结构就不明确，没法说VMD就不对pymol就对

sxwen · 发表于 Post on 2022-10-28 17:23:09

sobereva 发表于 2022-10-27 15:19
VMD的显示没有明显问题

如果是有些地方没判断出二级结构，是二级结构判断算法问题，本来有些模棱两可的 ...

谢谢老师的回复。

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