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[VMD] vmd中可以复制整条分子链么?

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有一个小分子文件(XML格式),想通过复制分子-移动新分子-新旧分子加键的过程得到共聚物,并保存为XML格式。在VMD中找到了移动和加建的方法,但是没有找到复制,想问VMD的可以复制一个小分子链么,怎么操作?

谢谢大家!

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发表于 Post on 2022-10-13 12:46:24 | 只看该作者 Only view this author
VMD里没法在同一个ID内复制原子,顶多是平移操作后保存新结构文件,然后再和原有的合并。需要平移复制的功能可以用Multiwfn、GaussView、gmx genconf等支持原胞复制成超胞的程序,对原分子定义周期性,然后平移复制成超胞后再保存结构文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 13:57:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-13 12:46
VMD里没法在同一个ID内复制原子,顶多是平移操作后保存新结构文件,然后再和原有的合并。需要平移复制的功 ...

谢谢老师 我尝试一下别的方法

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发表于 Post on 2022-10-30 13:23:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-13 12:46
VMD里没法在同一个ID内复制原子,顶多是平移操作后保存新结构文件,然后再和原有的合并。需要平移复制的功 ...

老师,请问一下,对于“gmx genconf等支持原胞复制成超胞的程序,对原分子定义周期性,然后平移复制成超胞后再保存结构文件”,使用gmx genconf复制时,怎样对原分子定义周期性?

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发表于 Post on 2022-10-31 05:07:14 | 只看该作者 Only view this author
五个一 发表于 2022-10-30 13:23
老师,请问一下,对于“gmx genconf等支持原胞复制成超胞的程序,对原分子定义周期性,然后平移复制成超 ...

诸如gro(最后一行)或pdb(CRYST1字段)文件里定义了盒子信息就可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-31 08:52:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-31 05:07
诸如gro(最后一行)或pdb(CRYST1字段)文件里定义了盒子信息就可以

好的,谢谢老师

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