为什么使用gmx trjconv -pbc mol(or nojump or fit)结构不一致

boqiang

描述：
1. 在完成200ns MD后，使用gmx trjconv -s md.tpr -f md.trr -o md.xtc -pbc mol，得到的最后一帧如下：（两个分子都在盒子内）但是RMSD存在周期性；
  
2. 接着使用gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_nojump.xtc -pbc nojump -center，得到的最后一帧如下：（一个分子在盒子内，一个分子在盒子外），
使用vmd在X轴增加一个周期（+x），四个分子没有接触，RMSD变化极大；
      
3. 接着使用gmx trjconv -s md.tpr -f md_nojump.xtc -fit rot+trans 消除平动和转动，得到最后一帧如下：（两个分子在两侧，一半在盒子外），
同样的在X轴延长+x，得到中间两个分子有接触；RMSD与nojump一致；
     

问题：
1. 为什么在使用-pbc mol ，-pbc nojump 和-fit rot+trans，三种条件得到的结构会不一致？
2. -pbc mol 和-fit rot+trans 两个分子都有接触，为什么构象不一致？（图可能比较模糊，简单描述-pbc mol两分子平行，-fit两分子像T型）
3. 使用-pbc nojump为什么还是有的蛋白分子会跳出盒子外？（不是已经消除了周期性了吗）

sobereva

如果你想让俩蛋白一直挨着，trjconv结合-pbc cluster处理轨迹，同时提供一个索引文件，里面记录包含蛋白质二聚体的组，让你选择组的时候选这个组

boqiang

sobereva 发表于 2022-11-3 10:37
如果你想让俩蛋白一直挨着，trjconv结合-pbc cluster处理轨迹，同时提供一个索引文件，里面记录包含蛋白质 ...

sob老师你好，测试了-pbc cluster，得到的最后一帧结构与-pbc mol一致，但是有某些几帧还存在周期性问题。我测试了其他结构，所有条件结构都是一致的，所以有个疑问，为什么这个结构用-pbc nojump会跟其他条件得到的结果不一致？