gentor旋转生成的构象已经破坏

GHL · 发表于 Post on 2022-11-1 09:46:28

本帖最后由 GHL 于 2022-11-1 09:48 编辑

采用openbable生成的xyz文件，输入到gentor中进行构象生成，对一些旋转键进行改动，后期生产的构象用xyz2QC转化为高斯gjf文件查看时，原有构象已发生破坏，恳请大佬指点问题出在哪儿？
构象变化，分别对其中的羟基进行了旋转（每120度），以及苯环之间的单键旋转。

GHL · 发表于 Post on 2022-11-1 09:53:40

对了，是采用Openbable转化为xyz,出现的问题，刚发现了，打扰大家了

GHL · 发表于 Post on 2022-11-1 10:19:24

GHL 发表于 2022-11-1 09:53
对了，是采用Openbable转化为xyz,出现的问题，刚发现了，打扰大家了

采用chemdraw画的分子优化后，在高斯view中有些单键会变为双键，在扭转过程中就断键了，在Openbable转化为xyz后，构象已经发生了变化

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-1 13:54:03

图上传错了吧？不管openbabel、gentor有什么问题，也不会凭空给你添加氮原子啊

GHL · 发表于 Post on 2022-11-1 14:25:22

wzkchem5 发表于 2022-11-1 13:54
图上传错了吧？不管openbabel、gentor有什么问题，也不会凭空给你添加氮原子啊

嗯，后面发现是gentor中自带的mol.xyz文件产生的，重新替换就可以了

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[Molclus] gentor旋转生成的构象已经破坏

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