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[Molclus] 关于gentor生成构象,可不可以先优化一部分问题

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已经成功的进行构象搜索了,苷元已经找到合适的构象,但是自己本身还需要计算苷元连接糖苷的结构,文献中大多数均计算的苷元,理由是糖苷对其电子分布影响小,
但是对比同一苷元连接不同糖苷,进行构象搜索。如果考虑分子键的扭转,产生的候选目标就大大增加, 可不可以先单纯计算不同糖苷优化结构后在将其看作一个原子再对整体的分子进行构象搜索
这个是本身自己猜想的,不知道是否合理?

苷元,糖苷.jpg (24.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

苷元,糖苷.jpg

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发表于 Post on 2022-11-1 15:43:39 | 只看该作者 Only view this author
行不通。分子内相互作用会对糖苷的构象产生不可忽视的影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-1 19:13:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-1 15:43
行不通。分子内相互作用会对糖苷的构象产生不可忽视的影响

大佬,那如果考虑糖苷的话,构象会更多是吗?关于键的旋转,之前设置的是每120,那如果设置每180,会不会有很大影响?

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发表于 Post on 2022-11-2 08:22:49 | 只看该作者 Only view this author
GHL 发表于 2022-11-1 19:13
大佬,那如果考虑糖苷的话,构象会更多是吗?关于键的旋转,之前设置的是每120,那如果设置每180,会不会 ...



我之前说过,要对一个键旋转360度过程中出现多少个极小点大致心里有数,这属于基本常识知识

例如丁烷中间二面角旋转过程的势能曲线


显然转这个键就应当每120度转一次,molclus依次优化后才可能三个极小点都得到
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-2 09:25:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-2 08:22


我之前说过,要对一个键旋转360度过程中出现多少个极小点大致心里有数,这属于基本常识知识

谢谢,sobereva 老师的指导

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