求助帖：请教Lig Fit Prot的理解

charmm36 · 发表于 Post on 2022-11-7 11:30:32

各位老师和前辈，本人入门分子动力学模拟不久，想请教一下如下问题: 我看到MD模拟的文章（如https://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/2021/ra/d1ra04460e）在做rmsd分析（见附图）时，除了展示Prot Backone的rmsd和Lig fit Lig的rmsd，也会展示Lig fit Prot的rmsd。请问这里的Lig fit Prot是指先对ligand进行拟合，再计算protein backone的rmsd，还是先对protein backone进行拟合，再计算ligand的rmsd，亦或是其他意思？此外，我也不太清楚计算这种rmsd (Lig fit Prot)的意义。昨天在网上一直没找到答案，特来本平台求助，望各位老师和前辈能指导一下，不甚感激！

enthalpy · 发表于 Post on 2022-11-7 15:22:19

Prot Backbone 和 lig fit lig 分别对应蛋白自身和lig 自身的RMSD。
lig fit Prot; 应该是用复合物中的蛋白去fit后，再去算lig的RMSD，反映的是lig相对于蛋白的运动。

charmm36 · 发表于 Post on 2022-11-7 15:43:13

enthalpy 发表于 2022-11-7 15:22
Prot Backbone 和 lig fit lig 分别对应蛋白自身和lig 自身的RMSD。
lig fit Prot; 应该是用复合物中的蛋 ...

好的好的，懂了，谢谢啦！

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