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[GROMACS] 在做两相体系的rdf时峰形出现问题

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请教一下各位老师,我的体系是双相体系,体系中有固相铂层和液相,当我想要计算液相中的原子之间的rdf时,我采用-xy选项,但算出来的rdf的形状还是不太对,是为什么呢?有什么办法改进吗?

BA}KPT9WN9BPO0DF2[`C[B9.jpg (119.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

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发表于 Post on 2021-3-31 13:10:39 | 只看该作者 Only view this author
有什么不对?
以什么原子作为参考原子和被统计原子?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 21:06:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-31 13:10
有什么不对?
以什么原子作为参考原子和被统计原子?

因为感觉起峰位置过早,从0nm时就开始有起峰,并且有很多峰形也不规则,最后也很难收敛到1,所以我感觉不太对? 选用的参考组和被统计原子都是我体系中的S。

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发表于 Post on 2021-4-1 00:54:16 | 只看该作者 Only view this author
芝士栗子小甜饼 发表于 2021-3-31 21:06
因为感觉起峰位置过早,从0nm时就开始有起峰,并且有很多峰形也不规则,最后也很难收敛到1,所以我感觉不 ...

如果S是指分子中的硫原子,不用-xy看看什么情况,如果也异常,和VMD计算的rdf对比一下
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-1 09:17:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-1 00:54
如果S是指分子中的硫原子,不用-xy看看什么情况,如果也异常,和VMD计算的rdf对比一下

嗯嗯我试试 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-11-8 08:51:37 | 只看该作者 Only view this author
芝士栗子小甜饼 发表于 2021-4-1 09:17
嗯嗯我试试 谢谢sob老师

这个东西别人不是都做过很多了吗?

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