如何处理共价结合的配体FAD以得到.ac文件

Mimizi

各位老师们好，我的蛋白有一个配体FAD，和组氨酸共价连接。我在学习了Amber上的<TUTORIAL B5 GFP>的模拟后尝试模拟我自己的蛋白，结果第一步就出现各种问题：
1.我先将蛋白用 pdb4amber处理，得到的protein.amb.pdb文件
2. 用pymol 导出protein.amb.pdb中的FAD和与之共价结合的His，得到His-FAD.pdb（two unit）
3. 用 chem3D将His-FAD.pdb转化为His-FAD.mol2（目的是获得 a single unit）
3. antechamber 处理（> antechamber -i His-FAD.mol2 -fi mol2 -o His-FAD.ac -fo ac -c bcc -s 2）结果报错： Fatal Error!
Weird atomic valence (2) for atom (ID: 1, Name: N).
       Possible open valence.
4. 我查看了His-FAD的结构后觉得是因为总电荷不为零报的错，于是尝试在chem3d上加氢之类的以让分子电荷为零，但是我的分子结构就会随之发生变化，而我不想改变结构，于是在antechamber中加入了 -nc -3，但还是同样报错。

综上，想问一下各位老师,我如何能够再不改变结构的基础上得到His-FAD.ac文件, 以及我如何将His-FAD这个结构重新命名为一个分子呢（图中可以看到His和FAD是各自命名的）?