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[GROMACS] 求助:蛋白质模拟时离子释放的问题

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本帖最后由 peng 于 2022-11-18 18:21 编辑

请教一下各位老师。我想模拟的蛋白质是一种可以裂解卤代醇碳卤键并释放卤离子的酶,底物位于结合口袋内,酶催化断键后,卤离子要从口袋内释放出来,口袋出口会打开并把卤离子释放到溶剂中。PDB数据库包含蛋白质和Br-的结晶结构,我想研究的是Br-的释放的过程。模拟的力场选择用OPLS-AA/m,因为四个主流蛋白质力场只有其支持Br-,初始结构在WHAT IF 上优化,模拟的mdp文件如下,就是sob给出的mdp模板没有改动。现在我遇到的问题是,我将蛋白质和Br-共同模拟了600ns但是Br-一直没有释放,之前拜托过一位老师做的模拟使用的是相同的力场仅在200ns内Br-就可以释放,所以想请教各位老师为什么我做的模拟Br-不能释放出来呢,我需要如何改动呢?

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