求助给金属离子施加了约束但是还会跑到外面

18231865105

各位老师好，给金属离子施加约束了 但是还会跑到外面，gmx genrestr -dister 使用创建好的索引组，金属离子+氨基酸原子，生成后添加到了拓扑文件中，
Position in the topology file：
[ moleculetype ]
;name nrexcl
ADP_fix 3

; Include ligand topology
#include “ADP_fix_GMX.itp”

#ifdef POSRES
#include “posre_ADP.itp”
#endif

; Include chain topologies
#include “topol_Protein_chain_A.itp”

[ distance_restraints ]
; i j ? label funct lo up1 up2 weight
1573 4727 1 0 1 0.0817967 0.281797 1.2818 1

; Include water topology
#include “amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp”

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif
周期处理命令用的下面两个:
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -n index.ndx -o md_center.xtc -center -pbc mol -ur compact

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_center.xtc -n index.ndx -o md_fit.xtc -fit rot+trans
是约束太少了吗？还是添加的位置不对

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “金属离子的约束” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

sobereva

确保原子序号正确，确实对应于topol_Protein_chain_A.itp里面相应两个原子的序号而不是全局序号
也可尝试改用[bonds]施加限制势

18231865105

sobereva 发表于 2022-11-17 17:43
确保原子序号正确，确实对应于topol_Protein_chain_A.itp里面相应两个原子的序号而不是全局序号
也可尝试 ...

感谢Sob老师的修改意见和解答，原子序号是对应的 topol...chainA 文件里的，如果我想在拓扑文件【moleculars】后面加上【inter-molecular interactions】，其中 angles bonds和二面角我该怎么定义呢？或者用什么软件去定义呢？

sobereva

18231865105 发表于 2022-11-18 10:00
感谢Sob老师的修改意见和解答，原子序号是对应的 topol...chainA 文件里的，如果我想在拓扑文件【molecul ...

对于同一个[moleculetype]里的两个原子间加限制势或bond，根本不需要用[intermolecular_interactions]

18231865105

老师您好，如果想让蛋白和金属离子合成一个moleculartype，需要运行gmx pdb2gmx -merge 还是说不用-merge ，运行完了手动处理拓扑文件，如果手动处理的话需要把金属离子拓扑文件里的键 角和二面角数据都添加在蛋白拓扑文件里吗？