已解决：非标准多肽电荷平衡报错

wyfgg

各位老师好，我目前在进行一个人工合成多肽的MD模拟，多肽中包含两个非标准氨基酸，我参考这个帖子《对有非标准残基的蛋白质做蛋白质-配体分子动力学》和Sob老师的http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ 进行了非标准残基rtp和hdb文件的构建，并放置在amber99sb-ildn.ff力场文件夹下，pdb2gmx可以正常生成gro文件和top文件。

1. gmx pdb2gmx -f pro.pdb -o pro.gro -water spce -ignh

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在我准备对这个多肽进行电荷平衡时，

1. gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr

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gmx报错

1. ERROR 1 [file topol.top, line 25]:
   
2.   No such combination rule 1055912240

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文件中报错的25行是[ moleculetype ]
两个非标准氨基酸残基的rtp和hdb文件我也打包在压缩包里了
请问这个是哪方面存在问题？该如何修改呢？谢谢老师

Frozen-Penguin

报错说的25行应该是考虑#include之后的25行，不是top文件文本的第25行
报错内容是combination rule错误，这个参数在[ defaults ]中，一般出现在力场的forcefield.itp中，是力场本来就有的
在手册的这个页面可以看到相关信息，https://manual.gromacs.org/docum ... y-file-formats.html
这个错误和rtp和hdb应该没有关系，这两个文件里面好像没有combination rule参数

wyfgg

Frozen-Penguin 发表于 2022-11-29 16:09
报错说的25行应该是考虑#include之后的25行，不是top文件文本的第25行
报错内容是combination rule错误， ...

老师您好！我随机删去top文件的前端几行，gmx报错显示line 15，因此可能还是这个位置

forcefield.itp文件的[ defaults ]部分我没有修改过，请问这个要如何解决呢？感激不尽

Frozen-Penguin

wyfgg 发表于 2022-11-29 16:46
老师您好！我随机删去top文件的前端几行，gmx报错显示line 15，因此可能还是这个位置

forcefield.itp ...

删掉前几行#include的内容也在往前移，所以是15可能是巧合吧，不过这个和具体错误是什么关系不大。
你的forcefield.itp里面的参数被注释掉了，好像不是原来的内容，手册里面写的是没有前面的分号的，可能是这个导致的错误。

wyfgg

Frozen-Penguin 发表于 2022-11-29 17:01
删掉前几行#include的内容也在往前移，所以是15可能是巧合吧，不过这个和具体错误是什么关系不大。
你的 ...

已解决，非常感谢！
问题根源确实出现在forcefield.itp参数上，按照您的提示修改后，gmx报错

1. ERROR 1 [file topol.top, line 1102]:                                                                  
   
2.   Incorrect number of parameters - found 4, expected 3 or 6 for Proper Dih.  (after the function type).

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然后我检查了top文件和以前运行的蛋白top文件的差异，发现在[ dihedrals ]中多了一列，可能还是我非标准残基rtp文件的问题，我下面再继续研究一下

再次感谢！