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[GROMACS] GAFF力场和Berger力场能兼容吗?

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我是新入坑的菜鸟,想做一个聚合物分子与脂质双分子层膜的分子动力学模拟,脂质双分子层是gromacs官方教程里下载的DPPC膜,用的好像是OPLS和GROMOS的混合力场,我为了方便,用sobtop的GAFF力场处理了聚合物,请问这两个体系可以兼容吗?是不是最好要用OPLS-AA力场来处理聚合物分子?

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发表于 Post on 2024-9-9 14:02:23 | 只看该作者 Only view this author
GAFF要搭配Amber的lipid21力场

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发表于 Post on 2024-9-9 14:37:48 | 只看该作者 Only view this author
GAFF, OPLS和GROMOS这三者不兼容。
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2024-9-11 00:53:21 | 只看该作者 Only view this author
并不存在“gromacs官方教程”,看http://bbs.keinsci.com/thread-48043-1-1.html
某些教程里的做法并不合理或者完全过时、非主流,不要盲从
聚合物用GAFF或GAFF2,磷脂分子用和AMBER兼容的磷脂力场,诸如Lipid、Slipids等都可以,是非常理想的搭配
基于GROMOS87的Berger磷脂力场已经过时了。
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发表于 Post on 2024-9-11 11:07:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 student0618 于 2024-9-11 11:23 编辑

其实教程作者Justin自己也在gromacs forum说了他的lipid教程过时了,实际应用时不要用那protocol。
https://gromacs.bioexcel.eu/t/be ... -simulations/7284/4
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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