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[GROMACS] 求助细胞膜法线上的自由体积分布计算问题

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  大家好,我想请教一个关于自由体积计算得问题。
  首先我所做的体系是细胞膜体系,我想计算沿膜法线上的自由体积分布,但是GROMACS本身只能计算时间关系上的自由体积变化,所以我想请问以下计算沿膜法线即Z方向上的自由体积分布,有什么好的方法吗?因为我对代码不懂,所以想求得一个比较好的方法,谢谢大家!

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发表于 Post on 2022-12-1 06:39:56 | 只看该作者 Only view this author
下文的例子介绍了怎么计算整个空间的自由体积
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
http://sobereva.com/617http://bbs.keinsci.com/thread-25241-1-1.html

参考下文,写个脚本,依靠上文介绍的功能依次每次计算一个薄层的自由体积就能实现目的。计算每个薄层时恰当定义计算区域的原点和边长即可
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

如果计算的帧数不多还好。如果计算的帧数很多,可能会很耗时,应考虑是否能通过别的做法实现类似最终目的,比如用gmx density计算密度分布曲线。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-1 14:08:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-1 06:39
下文的例子介绍了怎么计算整个空间的自由体积
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由 ...

好勒,谢谢老师!

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