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[Gaussian/gview] 高斯使用QM/MM计算结果能否进行约化密度梯度(RDG)分析?

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想要计算一个大体系,用到的高斯的QM/MM,分3层,外层为AM,内层核心计算为b3lyp/6-31G**,请问,针对b3lyp/6-31G**的计算结果,能否用multiwfn进行作用力等高面的约化密度梯度(RDG)分析?谢谢!

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发表于 Post on 2015-10-7 23:44:34 | 只看该作者 Only view this author
AM是什么?
产生波函数文件的时候别用ONIOM,你就把高层挖出来,用DFT算个单点就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-8 09:49:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-7 23:44
AM是什么?
产生波函数文件的时候别用ONIOM,你就把高层挖出来,用DFT算个单点就完了。

谢谢回复,你的意思是可以用ONIOM先算完,然后再用b3lyp/6-31G算个单点能,就可以用RDG分析了吗?

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发表于 Post on 2015-10-8 10:28:03 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2015-10-8 09:49
谢谢回复,你的意思是可以用ONIOM先算完,然后再用b3lyp/6-31G算个单点能,就可以用RDG分析了吗?


6-31G太渣,至少用6-31G*
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-8 10:45:53 | 只看该作者 Only view this author
我这样算一下,十分感谢一直以来的帮助!

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发表于 Post on 2015-10-8 21:47:13 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-7 23:44
AM是什么?
产生波函数文件的时候别用ONIOM,你就把高层挖出来,用DFT算个单点就完了。

请问老师qm/mm和oniom有啥区别?
您在以前的一个帖子中说过,oniom不要轻易使用,容易出问题;
那qm/mm容易出问题吗?qm/mm的关键词是什么呢?本站有教程吗?
谢谢老师

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发表于 Post on 2015-10-8 23:10:18 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-10-8 21:47
请问老师qm/mm和oniom有啥区别?
您在以前的一个帖子中说过,oniom不要轻易使用,容易出问题;
那qm/mm ...


ONIOM是杂化方法,可以多种理论方法混合处理一个体系,如果是量化方法和分子力场方法结合做ONIOM,本身也算QMMM的一种实现。
但ONIOM的做法和一般的QMMM不同。ONIOM是洋葱算法,分子力场也得算量化计算的那块区域,你看过ONIOM的基本资料就明白是怎么实现的。而一般意义的QMMM是拼接算法,QM能量+分子力场能量就是总能量。
ONIOM和QMMM的的局限性很大程度上是相同的。
QMMM说来话长,高斯没法做一般形式的那种QMMM,结合某些分子力场程序诸如amber倒是可以做。
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发表于 Post on 2015-10-9 08:04:01 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-8 23:10
ONIOM是杂化方法,可以多种理论方法混合处理一个体系,如果是量化方法和分子力场方法结合做ONIOM,本身 ...

恩,官网的说明上写洋葱算法总能量中需要减掉力场计算的那个high层。
您说高斯不能计算QM/MM,是不是由于高斯本身不含力场的缘故啊?那为什么ONIOM中可以用amber力场呢?

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发表于 Post on 2015-10-9 08:29:14 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-10-9 08:04
恩,官网的说明上写洋葱算法总能量中需要减掉力场计算的那个high层。
您说高斯不能计算QM/MM,是不是由 ...

含力场啊,支持UFF、Amber、Dreiding
你用比如B3LYP:Amber这么杂化来算ONIOM,这本身就算是QMMM的一种实现方式,只不过不是其它程序用的那种两部分直接拼接的方式。
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发表于 Post on 2015-10-9 10:27:33 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-9 08:29
含力场啊,支持UFF、Amber、Dreiding
你用比如B3LYP:Amber这么杂化来算ONIOM,这本身就算是QMMM的一种实 ...

哦,明白了,谢谢老师。
如果low的部分不参与反应,把high的那部分提取出来计算某反应自由能变化是否也合理呢?
如果low的部分也参与,把优化后的整体结构计算频率得到G再用于计算反应自由能变化,是否合理呢?
麻烦老师了。

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发表于 Post on 2015-10-9 10:46:27 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2015-10-9 10:27
哦,明白了,谢谢老师。
如果low的部分不参与反应,把high的那部分提取出来计算某反应自由能变化是否也 ...

low参与反应的话就不应该把它设为low
不参与反应时把它去掉往往也没关系。

“优化后的整体结构计算频率得到G再用于计算反应自由能变化”这句话本身没问题。
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发表于 Post on 2015-10-11 00:58:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-9 10:46
low参与反应的话就不应该把它设为low
不参与反应时把它去掉往往也没关系。

谢谢老师

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发表于 Post on 2022-11-30 21:24:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-7 23:44
AM是什么?
产生波函数文件的时候别用ONIOM,你就把高层挖出来,用DFT算个单点就完了。

老师,如图,我想用IGMH展现这个弱相互作用,我做的是ONIOM模型优化晶体结构,体现中心原子QM区和MM之间是否产生如图的弱相互作用,然后Formchk -MS 生成波函数文件,载入Multiwfn分析后,但是做IGMH发现并没有等值面生成,请问老师这种情况是不是不能用ONIOM模型体现,必须单独取出来两个分子优化才可以。麻烦老师了。

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发表于 Post on 2022-12-1 05:26:44 | 只看该作者 Only view this author
a-Student 发表于 2022-11-30 21:24
老师,如图,我想用IGMH展现这个弱相互作用,我做的是ONIOM模型优化晶体结构,体现中心原子QM区和MM之间 ...

用Multiwfn主功能5绘制电子密度等值面,如果能正常看到等值面,可能是IGMH的等值面数值设得不够小所以没看到相应等值面
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