VMD显示pbc的问题

dark_cosmos

最近做了一个聚合物的模拟，结果文件导为pdb，然后导入VMD中，使用了各种办法使用是没有办法去除这种big jumps的键。我尝试过PBCTools工具，unwrap是一点反应都没有，其他的一些命令wrap、join等都是有效果的，不知道是那个地方没有注意到，纠结了半天了，请各位高手指点一下，谢谢大家

diaok

vmd的键是取的载入第一帧判断成键，首先看成键信息对不对
然后才是轨迹的坐标
gromacs里面有个-pbc mol，是保持分子完整
vmd直接把轨迹unwrap all完全展开应该也行，不过好像对轨迹也有要求
两帧之间隔太远的话可能会判断出错

少年爱吃地三鲜

请问大佬的问题解决了吗？能不能说说？目前也面临相同问题，即使用了-pbc nojump 还是会出现上图情况，

dark_cosmos

少年爱吃地三鲜 发表于 2019-1-10 15:13
请问大佬的问题解决了吗？能不能说说？目前也面临相同问题，即使用了-pbc nojump 还是会出现上图情况，

没记错的话。这个命令对于轨迹文件有效，单个pdb文件没有效果的

少年爱吃地三鲜

dark_cosmos 发表于 2019-1-10 19:38
没记错的话。这个命令对于轨迹文件有效，单个pdb文件没有效果的

对的， 我是对轨迹文件进行编辑的，那么请问您是怎么解决的呢？

曹波波

gmx trjconv -f prod.xtc -s prod.gro -pbc nojump -o prod2.xtc
在GMX里运行这个命令，其中prod2.xtc是修正后的

dark_cosmos

少年爱吃地三鲜 发表于 2019-1-10 20:00
对的， 我是对轨迹文件进行编辑的，那么请问您是怎么解决的呢？

如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后在pbc wrap -compound res -all进来就好

少年爱吃地三鲜

dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后 ...

老师， 如果是gromacs 这种情况改怎么处理呢？ 我使用gromacs的 -pbc  nojump 还是这样

sour1993

换成-pbc mol试试？如果想简略看的话也可以试试vmd的drawing method里的dynamic bond

少年爱吃地三鲜

sour1993 发表于 2019-1-23 13:16
换成-pbc mol试试？如果想简略看的话也可以试试vmd的drawing method里的dynamic bond

谢谢你！

少年爱吃地三鲜

dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后 ...

谢谢老师！

少年爱吃地三鲜

dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后 ...

请问您做的这个体系是聚苯乙烯吗？我看着像

dark_cosmos

少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-12 09:26
请问您做的这个体系是聚苯乙烯吗？我看着像

这个是环氧树脂的

少年爱吃地三鲜

dark_cosmos 发表于 2019-3-12 11:16
这个是环氧树脂的

啊， 我看到有像苯环的 哈哈 谢谢你

哈哈哈哈哈---

dark_cosmos 发表于 2019-3-12 11:16
这个是环氧树脂的

您好，请问用lammps做环氧树脂聚合物热解模拟后，用vmd处理dump文件，先用pbc unwrap，再用pbc wrap -compound res -all后，还是有很多长键要怎么处理？