构建非标准残基残基名映射报错

2535882172

在进行非标准残基模拟时，设定179为非标准残基MOL，输入gmx pdb2gmx -f pro.pdb -o pro.gro -p pro.top -ignh 对输入结构进行拓扑处理
报错如下：
Fatal error:
Residue 180 named MOL of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom C used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.

然后我检查了pdb文件，确认180号残基没有命名错误
ATOM     30  H30 MOL A 179      84.386  15.296  47.902  0.00  0.00           H  
ATOM     31  H31 MOL A 179      84.838  13.645  47.550  0.00  0.00           H  
ATOM     32  H32 MOL A 179      91.858  19.577  45.055  0.00  0.00           H  
ATOM     33  H33 MOL A 179      91.504  18.088  41.722  0.00  0.00           H  
ATOM     34  H34 MOL A 179      85.940  18.121  47.849  0.00  0.00           H  
ATOM     35  H35 MOL A 179      82.132  17.547  40.433  0.00  0.00           H  
ATOM     36  H36 MOL A 179      82.419  17.094  43.276  0.00  0.00           H  
ATOM     37  H37 MOL A 179      83.445  19.442  41.622  0.00  0.00           H  
ATOM     38  H38 MOL A 179      84.234  17.901  41.725  0.00  0.00           H  
ATOM     39  H39 MOL A 179      84.383  18.139  44.233  0.00  0.00           H  
ATOM     40  H40 MOL A 179      83.682  19.730  44.060  0.00  0.00           H  
ATOM     41  H41 MOL A 179      85.546  20.484  42.650  0.00  0.00           H  
ATOM     42  H42 MOL A 179      86.251  18.909  42.673  0.00  0.00           H  
ATOM     43  H43 MOL A 179      86.171  20.917  44.969  0.00  0.00           H  
ATOM     44  H44 MOL A 179      87.526  20.168  44.227  0.00  0.00           H  
ATOM     45  H45 MOL A 179      85.588  19.016  46.072  0.00  0.00           H  
ATOM   2876  N   ASN A 180      80.727  18.579  44.358  1.00 98.86           N  
ATOM   2877  CA  ASN A 180      79.519  19.160  44.954  1.00 98.86           C  
ATOM   2878  C   ASN A 180      79.707  19.463  46.451  1.00 98.86           C  
ATOM   2879  O   ASN A 180      80.665  18.991  47.070  1.00 98.86           O  
ATOM   2880  CB  ASN A 180      78.347  18.191  44.723  1.00 98.86           C  
ATOM   2881  CG  ASN A 180      78.485  16.933  45.560  1.00 98.86           C  
ATOM   2882  ND2 ASN A 180      79.092  15.892  45.039  1.00 98.86           N  
ATOM   2883  OD1 ASN A 180      78.112  16.903  46.717  1.00 98.86           O  
ATOM   2884  H   ASN A 180      81.159  17.823  44.869  1.00 98.86           H  
ATOM   2885  HA  ASN A 180      79.281  20.102  44.458  1.00 98.86           H  
ATOM   2886  HB2 ASN A 180      77.407  18.671  44.999  1.00 98.86           H  
ATOM   2887  HB3 ASN A 180      78.286  17.930  43.667  1.00 98.86           H  
ATOM   2888 HD21 ASN A 180      79.399  15.901  44.077  1.00 98.86           H  
ATOM   2889 HD22 ASN A 180      79.065  15.042  45.585  1.00 98.86           H  

这个问题解决不来，求大佬给个解决方案

zdworld

rtp文件内原子顺序是对的吗？

sobereva

检查结构文件里MOL残基里的原子名，是否和rtp里MOL残基定义的原子能够一一对应。并不需要原子顺序对应