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[GROMACS] 求助 gromacs可以计算模拟过程中的不同构象吗

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楼主
gromacs有类似与molclus一样可以找出模拟过程中的给定分子的所有结构,然后isostat去除重复结构的功能和命令吗

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发表于 Post on 2022-11-28 10:38:22 | 只看该作者 Only view this author
没有完全相同的功能
但是用gmx cluster做簇分析可以起到一定程度类似的用处,把RMSD相差小于阈值的帧归到相同的簇,每个簇给出一个有代表性的结构
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-29 09:22:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 10:38
没有完全相同的功能
但是用gmx cluster做簇分析可以起到一定程度类似的用处,把RMSD相差小于阈值的帧归到 ...

谢谢 老师 我去看一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-5 15:42:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 10:38
没有完全相同的功能
但是用gmx cluster做簇分析可以起到一定程度类似的用处,把RMSD相差小于阈值的帧归到 ...

老师 我是用 gmx cluster 命令最后都显示已杀死 请问这是什么原因

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发表于 Post on 2022-12-6 08:05:37 | 只看该作者 Only view this author
xuan12138 发表于 2022-12-5 15:42
老师 我是用 gmx cluster 命令最后都显示已杀死 请问这是什么原因

用法不对,或者输入文件有问题,或者gromacs装的有问题
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