求助：为什么几何优化graphite晶胞时长过长一直不结束，而且一直不出现收敛曲线

ComputationPawn · 发表于 Post on 2022-12-7 20:45:06

本帖最后由 ComputationPawn 于 2022-12-8 17:54 编辑

使用软件为DMol3软件如图所示，我对于导入的graphite晶胞进行优化时，一直不收敛，且不出现收敛曲线（并非几何结构优化失败）。
强行stop掉任务以后，打开输出文件，发现其中也有completed successfully。

希望各位能帮忙解答一下

含光君 · 发表于 Post on 2022-12-7 22:44:13

因为你提交的结构已经是平衡结构了。

ComputationPawn · 发表于 Post on 2022-12-8 10:23:15

含光君发表于 2022-12-7 22:44
因为你提交的结构已经是平衡结构了。

谢谢您的回答，这个结构是我从结构库里直接导入的，这应该不是平衡结构吧？

另外，在改变参数之前，结构优化的很快（使用对称性），但是这次我改了core treatment以及oribital cutoff，收敛变得很慢，不显示收敛曲线。后来我又跑了一次，大概20分钟后几何优化成功。这两项参数对于收敛速度影响这么大吗

含光君 · 发表于 Post on 2022-12-8 15:40:08

ComputationPawn 发表于 2022-12-8 10:23
谢谢您的回答，这个结构是我从结构库里直接导入的，这应该不是平衡结构吧？

另外，在改变参数之前，结 ...

结构库导入的就是平衡结构啊。不过我之前没注意你输入文件里把optimize cell开着，本来16个核跑这么小体系应该一分钟就结束了，结果这参数一加算这么久净优化晶胞参数去了，当然会算得很慢，没有特殊需求就不要optimize cell。

你改了core treatment，可能是把内层原子的处理方式由赝势模型变成了全电子模型（All electron），显然会导致计算量增加。
增大orbital cutoff，是增加了实空间内DMol3数值基组的截断半径，也会增加计算开销。
设置每个参数前显然应该去了解每个参数的实际意义，如果不明白就去手册查看，上面写的很清楚。

另外，请务必分清楚SCF收敛和结构优化收敛两个概念，

收敛变得很慢，没有收敛曲线

这句话中的两个收敛不是同一个收敛。

最后说说input参数中的问题，我见你输入文件把opt和SCF的收敛精度调得很高，完全没有这个必要。基组最好选择4.4版本而非早先的3.5版本。
内存能给大一点的话尽可能给大一点。

ComputationPawn · 发表于 Post on 2022-12-8 16:23:09

含光君发表于 2022-12-8 15:40
结构库导入的就是平衡结构啊。不过我之前没注意你输入文件里把optimize cell开着，本来16个核跑这么小体 ...

多谢多谢，你指的手册是这个吗？
file:///D:/Program%20Files%20(x86)/BIOVIA/Materials%20Studio%2019.1/share/doc/content/pdfs/dmol3.htm

我的电子处理方式是改为了Effective Core Potential，opt的精度问题我在另一个帖子中也请教了您，希望您能给出一些建议，或者知道我一下去哪里学习相关的技巧。

关于SCF的圈数跟收敛曲线中的收敛，我可以理解为“收敛曲线中的一步就是SCF收敛一次吗？例如SCF话费115步收敛，那么收敛曲线的一步就对应于收敛曲线的115步吗？”

含光君 · 发表于 Post on 2022-12-8 16:41:12

本帖最后由含光君于 2022-12-8 16:47 编辑

ComputationPawn 发表于 2022-12-8 16:23
多谢多谢，你指的手册是这个吗？
file:///D:/Program%20Files%20(x86)/BIOVIA/Materials%20Studio%2019. ...

1. 是，不过你打开DMol3 Calculation窗格，哪边参数有问题就点右下角help，可以直接定位到手册中对应位置。
2. 我使用的是DSPP（DFT Semi-core Pseudopots），DSPP手册里描述和ECP差不多，只是多说了一句“These are DFT-based potentials.”，所以我就用DSPP了。这一点只要不去选全电子处理就行了。如果对计算刚刚入门的话可以去听听卢天老师的量化初级班，对于基础概念讲得很全面。
3. 前半句对了，后面“那么收敛曲线的一步就对应于收敛曲线的115步吗”不知道在说啥。

ComputationPawn · 发表于 Post on 2022-12-8 17:27:34

含光君发表于 2022-12-8 16:41
1. 是，不过你打开DMol3 Calculation窗格，哪边参数有问题就点右下角help，可以直接定位到手册中对应位置 ...

十分感谢，我后半句的意思是Scf_iterations比如在115圈收敛了，那么收敛曲线的每一步是否都对应于SCF中的115圈。
PS：卢天老师的量化基础班是不是只能去现场看？我这条件有限，有没有在线途经？

含光君 · 发表于 Post on 2022-12-8 17:30:46

ComputationPawn 发表于 2022-12-8 17:27
十分感谢，我后半句的意思是Scf_iterations比如在115圈收敛了，那么收敛曲线的每一步是否都对应于SCF中的 ...

结构优化一步所需的SCF迭代步数不是固定的。
那可以看看刘锦程老师的B站视频，刘老师讲的是VASP，但原理是共通的。

ComputationPawn · 发表于 Post on 2022-12-8 17:41:13

含光君发表于 2022-12-8 17:30
结构优化一步所需的SCF迭代步数不是固定的。
那可以看看刘锦程老师的B站视频，刘老师讲的是VASP，但原理 ...

十分感谢您的回答

ComputationPawn · 发表于 Post on 2022-12-8 17:56:08

含光君发表于 2022-12-8 17:30
结构优化一步所需的SCF迭代步数不是固定的。
那可以看看刘锦程老师的B站视频，刘老师讲的是VASP，但原理 ...

另外，我上传了两次优化graphite的结果文件及计算文件，麻烦您能帮忙分析一下这么简单的一个结构计算时长相差如此之大的原因，十分感谢

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