求助：用Sobtop产生乙醇的相关文件后跑Gromacs发生爆炸

ljc050512 · 发表于 Post on 2022-12-6 17:57:48

本帖最后由 ljc050512 于 2022-12-6 18:06 编辑

诸位老师，我想模拟一个纯乙醇的体系，使用sob老师的Sobtop软件产生乙醇的ethanol.itp，ethanol.top和ethanol.gro后，在5 nm*5 nm* 5 nm的盒子里填充512个乙醇分子，然后跑MD，跑完后观看轨迹，发现体系发生爆炸。想麻烦诸位老师给看看哪里出了问题。所用的文件都在附件里。我用的是gmx2020.6_GPU版本。

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-7 03:48:57

此分子既没必要也不应该基于Hessian算力常数描述所有项，直接用GAFF参数就完了。好好看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11

ljc050512 · 发表于 Post on 2022-12-7 16:00:05

sobereva 发表于 2022-12-7 03:48
此分子既没必要也不应该基于Hessian算力常数描述所有项，直接用GAFF参数就完了。好好看http://sobereva.com ...

谢谢老师，我去再试试看。

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