本人在测试蛋白内距离很远的两个残基能量分析，对结果很不理解

Jeffrey_Chen

各位老师好，本人在测试蛋白内距离很远的两个残基r_1  r_40的能量用gmx energy命令完成，结果如下：
Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift-------------------------------------------------------------------------------
Coul-SR:r_3-r_3            -32.1819        1.8    6.69846     7.2695  (kJ/mol)
LJ-SR:r_3-r_3             -0.304879       0.21    1.42331   0.831618  (kJ/mol)
Coul-14:r_3-r_3             147.515        2.3    8.08659   -8.93243  (kJ/mol)
LJ-14:r_3-r_3               3.17568       0.15    1.49495  0.0928193  (kJ/mol)

Coul-SR:r_3-r_40                  0          0          0          0  (kJ/mol)
LJ-SR:r_3-r_40                    0          0          0          0  (kJ/mol)
Coul-14:r_3-r_40            288.422       0.76    6.55237    3.44614  (kJ/mol)
LJ-14:r_3-r_40              39.7806       0.47    5.54428   0.446218  (kJ/mol)


Coul-SR:r_40-r_40          -157.823       0.84    5.63912   -3.67618  (kJ/mol)
LJ-SR:r_40-r_40            -7.07108       0.46    1.40126    1.57915  (kJ/mol)
Coul-14:r_40-r_40                 0          0          0          0  (kJ/mol)
LJ-14:r_40-r_40                   0          0          0          0  (kJ/mol)

有两处很不理解
，1）残基r_3与r_40距离很远，Coul-SR:r_3-r_40 =0，   LJ-SR:r_3-r_40 =0 可以理解，但为何Coul-14:r_3-r_40 = 288.422  LJ-14:r_3-r_40 =39.78 都不为零，并且数值非常大；
2）对于r_3残基内部的14作用，Coul-14:r_3-r_3=147.515 ，   LJ-14:r_3-r_3 =3.17568  都不为零，但为何r_40残基内部14作用都为0

sobereva

只能怀疑是组里面原子序号定义有问题，也没什么其它可能