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[GROMACS] DNA每个碱基对与配体的相互作用如何计算

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文献中(https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.03.069)看到有将DNA的各个碱基对与聚合物的相互作用分析做出来的,但是不知道是如何实现。我的想法是将每一个碱基对重新定义为新的残基,再分别计算它们跟聚合物的距离。求教应该如何实现。

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喵星人

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发表于 Post on 2022-12-30 18:07:42 | 只看该作者 Only view this author
mm-gb/pbsa了解一下

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发表于 Post on 2022-12-31 00:18:41 | 只看该作者 Only view this author
先说明“相互作用”具体指什么,文中的图片的含义是什么
如果只是简单地计算比如最近接触距离,自己写个VMD脚本就完了,很简单的事情
如果需要计算各个残基对真空下DNA与聚合物间相互作用能的贡献,可以mdp里定义能量组实现
如果需要计算各个残基对溶剂下结合自由能的贡献,则需要MMGBSA

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-31 10:55:26 | 只看该作者 Only view this author

谢谢提醒,我去学习一下!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-31 10:56:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-31 00:18
先说明“相互作用”具体指什么,文中的图片的含义是什么
如果只是简单地计算比如最近接触距离,自己写个VM ...

谢谢sob老师,我再深入学习一下

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