计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1713|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 求助:蛋白质配体复合物在不同温度下的MD

[复制链接 Copy URL]

74

帖子

0

威望

1157

eV
积分
1231

Level 4 (黑子)

各位老师好,我想模拟一下蛋白质配体复合物在不同温度下的状况,我想问这样可以模拟成功吗?或者这样模拟有意义吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-1-3 18:23:55 | 只看该作者 Only view this author
当然可以
任何主流的动力学程序都有控温设置
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

74

帖子

0

威望

1157

eV
积分
1231

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-3 20:30:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-3 18:23
当然可以
任何主流的动力学程序都有控温设置

老师,我想问一下,温差在10K左右,对于结合自由能的计算影响大吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-1-4 09:06:03 | 只看该作者 Only view this author
阿志 发表于 2023-1-3 20:30
老师,我想问一下,温差在10K左右,对于结合自由能的计算影响大吗?

不一定
跟结合的紧密程度、配体和结合位点残基的柔性都有一定关系。可以实际跑出来对比。但也注意分子动力学的随机性问题,采样不足的话两次对同一个温度算的结果差异都可能超过这么点温度的差异
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

74

帖子

0

威望

1157

eV
积分
1231

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-1-4 13:35:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-1-4 09:06
不一定
跟结合的紧密程度、配体和结合位点残基的柔性都有一定关系。可以实际跑出来对比。但也注意分子动 ...

好的,谢谢老师的回答

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 01:10 , Processed in 0.160305 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list