Gromacs求助，如何用命令测量MD下复合物氢键长度

danyunlee · 发表于 Post on 2023-1-8 23:18:24

在使用gromacs官网命令结合我的复合物测量氢键时，想测量配体上的氧原子与残基GLY10的酰胺基上的N-H形成的氢键长度，输入命令gmx distance -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -select "resname JZ4 and name OAB plus resid 10 and name OE1" -oall

但是输入后没有任何结果出现，也没有报错。不知道什么原因。

估计是命令的原因，求教各位大神指点，该如何输入命令。

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-8 23:45:30

尝试linux版，并且确保选择语句正确

另外，gmx pairdist也可以实现同样的测量功能。

使用VMD直接获得距离变化明显更方便直观

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] Gromacs求助，如何用命令测量MD下复合物氢键长度

浏览过的版块