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[GROMACS] 用acpype搭配gromacs,添加离子报错

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按照Protein-Ligand Complex (mdtutorials.com)里面的案例5进行,用的是acpype,但是添加离子的时候报错,因为网上找不到完整的教程,试过一些网上的解决办法也不管用,可能是水平有限,所以请老师指点,感谢!我所有的文件打包发过来



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发表于 Post on 2023-2-12 04:16:23 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题



顺带一提,网上都是零七八碎的教程,完整系统性学习参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)是最好的途径,各种类型问题所有例子文件都完整提供,各种要点和背景知识都讲得极其细致,碰见诸如此类问题立马知道怎么解决

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-13 04:10:19 | 只看该作者 Only view this author

谢谢回复,我试过放到前面,也是一样的报错,请问怎么解决

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发表于 Post on 2023-2-13 05:06:13 | 只看该作者 Only view this author
jia1012428 发表于 2023-2-13 04:10
谢谢回复,我试过放到前面,也是一样的报错,请问怎么解决

单纯没改对而已
ppt里强调了,grompp看到的是所有include被展开后的文件,包括include里的include。仔细检查
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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