关于分子对接结果用MD验证其可靠性的问题

s2023

各位老师大家好，目前我在做蛋白的理性设计，用了αfold2模拟的蛋白结构与黄酮小分子进行对接并在5A内找到了几个氨基酸残基。看到网上说对接完之后需要进行MD模拟来验证可靠性，因此我用了gromacs进行模拟，小分子构象是从对接的复合体中扣下来的，教程是参考了蛋白质-配体复合物 (mdtutorials.com)，但是现在在做的过程中遇到了些问题，想要求助各位老师：1.用gromacs NVT和NPT预平衡的.gro结果用pymol可视化后，发现小分子配体在蛋白外面，和分子对接结果不同，这说明我的分子对接结果不可靠吗？应该怎么改正？
2.之后正式MD的结果怎么分析才知道分子对接结果是可靠的？

frank666

sob老师讨论过相关的问题。
问题1，可参考http://sobereva.com/632，
问题2，可参考http://sobereva.com/627，通过RMSD判断动力学是否平衡，或者计算一下结合自由能等等

s2023

frank666 发表于 2023-2-20 16:04
sob老师讨论过相关的问题。
问题1，可参考http://sobereva.com/632，
问题2，可参考http://sobereva.com/ ...

好的，谢谢