模拟盒子大小如何设置以及纳米限域流体的限域平板是否需要添加系综？

sigusigu

如题。请问大家lammps模拟中box的大小应当如何设置，其应当较之最边界原子大几埃米？这个主要是因为之前运行lammps代码时出现lost atom的ERROR，但将box大小沿xyz方向分别扩大一埃米后问题解决了，所以想问问这个box的设置有没有什么定式或者规律？另外在纳米限域流体的模拟中，流体分子肯定是要进行NPT和NVT的系综设置，但限域板（石墨烯平面或矿物晶体）是否要进行系综设置？我看有的研究文章中将其视为刚体，这是不是就意味着不对其进行系综设置？

sigusigu

最近调研了一些文章，这部分大家的做法确实不太一样。有些研究中对于壁面根本没有施加系综，而有的研究是将整个壁面通过fix rigid作为刚体后施加系综，有的研究为了实现soft wall，会将壁面主体视为刚体或固定，然后使其表面的基团或离子可动，并以此为基础施加系综。总的来说，还是要根据具体体系来定。但施加系综是主流，因为不施加的话，相当于壁面处为0K，这在绝大部分模拟中都是不合理的。