reaxff反应力场做碳氢化合物燃烧模拟求助

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-8-8 20:54:20

各位老师好，我设置的反应物是50个CH4分子与100个O2分子，模拟盒子的大小是3*3*3nm，在用reax/c/species生成species文件时，发现生成的C的数量和我最开始设置的不一样，CO的数量居然是166个，比原来50个C要多，这是怎么回事，下面是in文件和species文件截图

fineren · 发表于 Post on 2021-8-9 13:18:19

H当成了C？

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-8-9 15:02:13

fineren 发表于 2021-8-9 13:18
H当成了C？

嗯，是这样的，是我输入的element H C O有问题，应该改成element C H O或者直接不写

goosebay · 发表于 Post on 2021-9-16 10:26:11

zhi2679889405 发表于 2021-8-9 15:02
嗯，是这样的，是我输入的element H C O有问题，应该改成element C H O或者直接不写

请问用lammps做大分子热解是不是也是类似的流程啊？新手入门，请问大侠可不可以给点指引和建议？目前考虑的是用ms建模，然后用lammps模拟升温裂解过程中得到的产物和官能团信息。

xinxinup · 发表于 Post on 2021-9-22 15:04:39

本帖最后由 xinxinup 于 2021-9-22 17:10 编辑

楼主好，我也是刚入手ReaxFF的工作。想请问下关于ReaxFF力场选用的问题，文献上对比DFT和ReaxFF做出键能和键长的关系图，我知道DFT如何实现这个过程，想请教LAMMPS怎么实现这个过程？

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-9-27 14:58:36

goosebay 发表于 2021-9-16 10:26
请问用lammps做大分子热解是不是也是类似的流程啊？新手入门，请问大侠可不可以给点指引和建议？目前考虑 ...

我觉得是这样的流程，用ms建模也行，但我不会ms，我是用高斯生成pdb文件，然后用packmol进行分子随机布置，再用vmd生成data文件，最后lammps模拟，我目前只会这种。你可以在论坛里搜有关packmol与vmd的帖子，讲的很详细，或者搜其他lammps有关建模的帖子

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-9-27 15:02:06

xinxinup 发表于 2021-9-22 15:04
楼主好，我也是刚入手ReaxFF的工作。想请问下关于ReaxFF力场选用的问题，文献上对比DFT和ReaxFF做出键能和 ...

你模拟所需的元素只要有相关的力场就可以用，lammps自带一些力场，或者去SCM官网找。lammps怎么实现这个过程我目前不会

goosebay · 发表于 Post on 2021-9-27 20:11:10

zhi2679889405 发表于 2021-9-27 14:58
我觉得是这样的流程，用ms建模也行，但我不会ms，我是用高斯生成pdb文件，然后用packmol进行分子随机布置 ...

好的，谢谢你哦

mscaiji · 发表于 Post on 2021-10-30 14:41:06

您好，请问reaxff反应力场模拟怎么分析键角呢，我想分析体系中O-Si-O在动态平衡时候的角度变化，您有什么方法吗

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-11-26 11:10:09

mscaiji 发表于 2021-10-30 14:41
您好，请问reaxff反应力场模拟怎么分析键角呢，我想分析体系中O-Si-O在动态平衡时候的角度变化，您有什么方 ...

不好意思，目前我不知道怎样分析键角

keyanxiaobai · 发表于 Post on 2022-11-16 15:50:19

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ZJH · 发表于 Post on 2023-2-20 15:55:26

keyanxiaobai 发表于 2022-11-16 15:50
请问这个顺序是根据什么判断的呢

根据data文件里元素出现的顺序

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