求助：gmx_MMPBSA运行报错

charmm36 · 发表于 Post on 2023-2-15 10:20:17

各位老师和前辈，请教一下下面的问题：在ubuntu 18.04安装gmx_MMPBSA v1.5.7 （https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/gmx_MMPBSA）后, 运行examples里的文件（examples/Protein_glyca）报错（IndexError: string index out of range），运行命令为：gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 26 -ct com_traj.xtc -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv，麻烦指教一下，谢谢！

ecolitib · 发表于 Post on 2023-2-15 16:15:12

好像是需要指定topol文件。

charmm36 · 发表于 Post on 2023-2-18 16:25:01

ecolitib 发表于 2023-2-15 16:15
好像是需要指定topol文件。

问了作者，找到原因了，是因为安装的是ParmEd4.0，换了ParmEd 3.4版本就没问题了

ecolitib · 发表于 Post on 2023-2-20 15:56:50

charmm36 发表于 2023-2-18 16:25
问了作者，找到原因了，是因为安装的是ParmEd4.0，换了ParmEd 3.4版本就没问题了

谢谢告知。抱歉回答错了。

charmm36 · 发表于 Post on 2023-2-20 20:47:39

ecolitib 发表于 2023-2-20 15:56
谢谢告知。抱歉回答错了。

没事没事，谢谢您热心的回复！

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