用分子对接预判断出钙离子在胶原中部与其结合，但在模拟时为什么钙离子不会与其结合？

Willow0114

我想模拟钙离子与胶原的结合情况，理论上胶原中部也有钙离子的结合点，但是在模拟的时候钙离子并不会在胶原中部结合。我尝试用分子对接的方法判断，发现是可以胶原中部是可以结合的。那为什么我模拟的时候，钙离子不在胶原中部与其结合呢？另外我观察了以下模拟过程中对应位置的三个氨基酸，发现它们的结构发生了变化，这是否是导致结合失败的原因呢（开始HYP上是存在双键氧，但是当经过pdb2gmx后，HYP上的双键氧就变成单键氧了，这是为什么？我的命令是gmx pdb2gmx -f collagen.pdb -o collagen.gro -ff amber99sb-ildn -water tip3p）